荧光测量对许多生物学（叶绿素和类胡萝卜素）、生物医学（病变的荧光诊断）和环境监测是必要的测量手段。荧光测量通常需要高灵敏度的光谱仪(推荐使用AvaSpec-2048TEC，积分时间大于 5秒)。对于大多数荧光应用来说，产生的荧光能量只相当于激发光能量的3%左右。荧光的光子能量比激发光的光子能量要小（所以波长要长），而且一般都是散射光（在各个方向上辐射能量）。
对于荧光测量装置来说，重要一点是避免激发光进入光谱仪，这可以通过不同方法实现（各种方法可以共同使用）：
1. 使用AvaLight-LED作为激发光源（窄带宽），激发光波长不在荧光光谱范围内。
2. 把（干涉）带通滤光片或低通滤光片与AvaLight-DH-S氘-卤钨灯一起使用以得到高强度窄带宽的激发光。
3. 确保激发光与荧光光路是90度垂直正交的，这样激发光就不会进入接收光纤（使用CUV-UV/VIS-FL或CUV-DA）。
4. 利用荧光的迟豫时间把激发光和荧光分开。此时需要一个脉冲光源(脉冲激光器或AvaLight-XE脉冲氙灯)和一台AvaSpec-2048FT快触发型光谱仪（可通过软件改变延迟时间）。
